入力するときはどの画面から入力を始めるのが一番効率がよいでしょうか？

一般的には、「取引」タグの現金出納帳、預金出納帳から入力するのが普通ですが、「集計」タグの残高試算表から勘定科目を選択しても入力すると全体の金額の確認もしやすくおススメです。